Radiographie de la naissance d’une idée

Une analogie féconde : les champignons se classent comme les livres se rangent !
mercredi 13 septembre 2006
par  Jean-François Doucet
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Pour une élève de l’ Université virtuelle du cours-test de créativité en 2001, j’ essaye de rendre visible la naissance d’ une analogie entre rangement des livres et classification des champignons ; Le passage des livres aux champignons a, semble-t-il, pivoté sur un troisième terme ( " tertium comparationis" de l’analogie) : les 2 termes latins désignant un champignon sont semblables aux 2 index "matières" et "auteurs" utilisés dans les bibliothèques. Cette analogie n’était pas nouvelle puisque des programmes qui comparent les séquences ADN de champignons étaient déjà utilisés analogues à ceux qui comparent nos livres pour les ranger sur les étagères de nos bibliothèques.

Oslo, le 4 juillet 2001

J´assistais l´autre jour donc à une soutenance de thèse : tout de suite, je te fais remarquer que je n´assiste qu´à la première partie, une sorte de répétition - ou l´artiste doctorant se " chauffe " - devant un public réduit avant la grande soutenance. Ce détail a son importance : je ne comprendrais certainement pas la soutenance grandeur nature du fait des termes spécialisés, du thème de la thèse qui est souvent de l´hébreu pour les non-initiés. Donc, non spécialiste de botanique, encore moins de mycologie - les champignons, les revoilà, tiens pardi ! - j´assiste à un exposé sur les répercussions de l´utilisation de la chimie moléculaire sur la classification des champignons. Ne prends pas de cachet d´aspirine pour éviter une prise de tête, je vais t´expliquer grosso modo en termes compréhensibles de quoi il retourne. Comme tu dois le savoir, il y a eu le Grand Linnée qui a trouvé le système génial de dénomination binomiale. Les petites plantes sont depuis Monsieur Linnée - suèdois d´un pays qui n´est pas si loin de la Norvège (...) - depuis

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Ancienne planche de botanique
Il n’y a pas si longtemps, les classifications se fondaient sur des critères morphologiques auxquels de nombreuses planches ont été consacrées

Monsieur Linnée donc, on donne deux noms a des petites plantes l´un pour le genre et l´autre pour l’épithète. Et armé de ces deux noms, on place chaque petite plante dans une classification. Ce système remplace les descriptions latines le plus souvent des plantes du genre : la petite fleur rouge qui plaisait à ma grand mère ou bien le champignon qui a tué mon cousin Gaston. Après Linnée, c´est plus simple : deux noms latins et chaque chose à sa place et chaque place a sa petite plante. Evidemment, même avec Linnée, la question des critères de classification se pose : très souvent, vu les moyens d´observation de l´époque, les critères sont morphologiques du genre l´anémone à fleur allongée ou la tulipe aux pétales argentés. ( entre parenthèse, tu pourrais faire de la botanique avec ton génie à enfiler les mots comme des perles ) . Mais revenons à nos petites plantes classées bien sagement selon la classification binomiale de Monsieur Carl Linnée. Tout resterait simple si les moyens d´observation et donc les critéres de classification n´avaient considérablement évolués depuis le temps de Karl Linnée - j´ai la flemme d´aller voir sur Internet si Carl Linnée s´écrit avec C ou K ou même si Carl était son prénom et tu me pardonneras. Les champignons, par exemple, vus par les mycologues du siècle derniers étaient tous classés dans le même sac ou presque. Puis, le microscope aidant, les sacs se sont multipliés : il y a eu un sac avec les champignons à chapeau et les autres. Jusque là, tu me suis à merveille. Là où tu risques de perdre ton latin, c´est lorsque le microscope s´est accompagné de chimie : tu vas me dire qu´on y était drôlement intéressé à savoir un peu la chimie de certains champignons vu que beaucoup de gens avaient eu mal au ventre avant de mourir empoisonnés par ces foutus champignons vénéneux. Alors pipettes, bocaux et préparations chimiques ont précédés les cuisines de nos grands mères pour éviter de mélanger les petites girolles - miammiam, tu as dejà essayé avec de l´ail et une petite sauce ? - de mélanger donc les petites girolles avec les amanites phalloïdes ou autres poisons mortels. Et donc la chimie est rentrée dans les moeurs pour classifier les champignons. Il n´y avait plus seulement ceux qui envoyaient le consommateur ad patres - excuse moi mon latin de cuisine, je suis contaminé ! - et ceux dont l ´ingestion conservait le malheureux sur terre après un bonne séance de tord boyaux. Il y avait des tas de nuances grâce à la chimie. Les champignons hallucinogénes pour une petite visite chez les Esprits, bad or god trip selon, un LSD à bon marché cueilli sur le bord du chemin, les champignons pour la coloration et tout et tout. Tu vois que nous sommes loin de Monsieur Linnée, Carl ou Karl de son prénom et campagnard suédois avec son filet à papillons. On se rapprocherait plus de la chimie lourde allemande. Et la classification donc le placement des végétaux de tous poils se faisait de plus en plus précise. Forcément avec des critéres aussi fins que les molécules chimiques, pas besoin d´être grand clerc pour déterminer si tu pouvais manger ou non un champignon X. Les molécules lui donnaient des empruntes digitales suffisamment précises pour une identification non moins précise. Tu pourrais croire que la Science s´arrêterait là puisque le but somme toute était atteint de mettre chaque champignon à sa place et que chaque place dans la classification ait son champignon. Après tout la Science avait bien mis une centaine de corps chimiques dans un tableau : de ton lycée, tu dois te souvenir la première ligne Hélium, Hydrogéne tu passes à la ligne et ensuite Sodium Magnésium Silicium Phosphore Soufre etc etc je t´épargne la liste complète mais tu dois te souvenir qu´il y a une petite centaine de corps consignés dans un tableau ( pas de Linnée mais de Mendeleiev, Suède contre Russie non sovétique). Alors la tentation est grande de consigner également les champignons dans un tableau : l´ennui, c´est qu´il n´y a pas des centaines de champignons mais environ un million de genres alors le tableau qui tient dans le tableau noir d´une école primaire pour les corps chimiques devraient couvrir la terre entière : et encore, on ne sait pas s´il serait complet. Il y aurait toujours un petit malin pour rentrer d´une balade en forêt pour dire : stop ! les Messieurs de la Science héritiers de Linnée et revus et corrigés par la chimie moléculaire ! Encore un champignon qui n´est pas dans le tableau, et d´ailleurs où serait sa place dans le dit tableau ? personne n´oserait vraiment le dire.
Et là tu vois où je veux en venir : en tous cas, c´était mon état d´esprit lorsque j´écoutais l´exposé de la docte Dame doctorante. Car en plus de la chimie moléculaire, tout récemment, l’ ADN a sonné un grand big bang. Le niveau d´analyse est descendu d´un cran encore pour les champignons. Maintenant à 1500 couronnes par analyse- excuse-moi du peu !- on fait le spectre génétique du champignon : pas étonnant qu’on ait plus envie de manger après. Donc pour simplifier, aux critéres de classification des champignons par la chimie moléculaire vient la déferlante de la génétique moléculaire : tu pourrais croire que la dite déferlante a eu raison du pauvre Linnée : eh bien pas du tout ! On reste toujours à la classification binomiale, en somme on reste simple même au temps de l´ADN et de l´ARN messager.
Bon, je vois que l´heure tourne et je te donne rendez vous à demain électroniquement : je dois courir pour mon PC en réparation : justement, je te raconterais comment le PC est arrivé non pas comme un champignon dans la soupe ni un cheveux à couper en quatre mais comme un remède possible à tous ces maux !
.

Oslo, le 5 Juillet 2001

(...) Mais je continue ma petite histoire de champignons là où je l’avais laissée ce matin, tant j’étais pressé de remettre en ordre de marche mon PC : ca y est maintenant, alors je peux continuer à te raconter l’ histoire des champignons.
En fait, un autre évènement indépendant de ma volonté est arrivé entre temps qui, si je n’y prenais garde, pourrait m’enlever l’envie de te raconter la suite. Une étudiante norvégienne est venue me voir ce matin pour la traduction d’ un texte francais et il me semble que le logiciel auquel je pensais se trouve déjà installé au laboratoire du 3 ème étage qui est consacré aux champignons. Mais tu te rappelles bien, j’avais prévu de parcourir avec toi le processus créatif sans savoir si l’idée à laquelle il conduit, est valable ou non. En fait, il semble qu’ elle soit valable mais pas nouvelle puisque déjà implantée au laboratoire DNA du troisième. Donc la quatrième phase - celle de la vérification, n’ est sans doute plus à faire ( pour les arts, cette phase correspond au contact avec le public, je crois )- Il reste les phases précédentes sur lesquelles je vais essayer de revenir.
Car après la soutenance de la thèse, je suis retourné à ma banque de données très simplement. Et encore plus simplement, je suis allé à la cuisine parce que je ne suis pas un pur esprit et que de temps en temps je dois manger. Et donc dans la cuisine, rien de bien spécial, j’ai cassé une petite croûte, mon ventre ayant été creusé par la docte Dame doctorante. Et inévitablement, je me suis pris à échanger quelques mots avec le professeur de botanique sur la soutenance de la thèse en particulier pour m’ excuser de ne pas avoir assisté à la soutenance en grandeur nature mais seulement à la mini présentation des idées principales. Pour engager la conversation avec le professeur de botanique, je me suis mis à lui rappeler une conversation antérieure sur le complexe du bibliothécaire, sa facon de réagir au fait qu’administrateur de banque de donnée, je ne suis pas botaniste de formation mais ai été parmi les premiers en France à construire des banques de données documentaires. Et cela bien avant Internet, je te parle de cela, d’une trentaine d’années en arrière que je m’attaquais déjà au problème du classement. Mais pas du classement des bestioles ou des champignons de toutes les couleurs mais au classement tout bébête des livres car j’ ai commencé par l’informatique documentaire. Et le paradoxe du bibliothécaire est un peu résumé dans une boite de fromage vache qui rit : - je me demande maintenant si tu n’ as pas utilisé un mot comme la Dame-qui-rit comme si tu étais une vache, mais c’est une autre question tu t’en doutes que je ne peux pas traiter ici vu que mon esprit doit rester souple mais pas perdre le fil tout de même. Laissant de coté la Dame, j’en reviens au paradoxe du bibliothécaire qui est une représentation de l’ infini comme la vache qui rit puisque sur la boite la vache est representée une boite de fromage à l’ oreille et sur cette boite de fromage, une vache est représentée avec une boite de fromage à l’oreille et cela à l’ infini exactement comme les livres qu’ on essaie de décrire par quelques mots (dits) clefs = maudits clefs oui tu peux le dire, qui eux mêmes s’expliquent par des mots et ainsi de suite jusqu’à l’ infini comme la vache qui rit. Mais, et sur ce point, la conversation s’ engageait avec le professeur de botanique autour de la petite table de cuisine, les bibliothécaires s’ en sortent - enfin s’ en sortaient - en triant les livres selon deux indexes que tu peux aisément retrouver dans les bonnes vieilles bibliothèques : l’ index matière et l’ index auteur. Sont- ce ces mots qui ont déclenché le déclic - comme une photographie aérienne puisque je me suspend au dessus du sens des mots à ce moment là pour me raccrocher aux branches du labyrinthe du sens, sont-ce ces index matières et auteurs que j’ ai associé à la dénomination binomiale de Linnée ? Je n’ en sais rien mais ma cervelle a fait tilt et j’ ai eu quelques instants deux histoires en parallèle : l’ une concernant les champignons décrits à l’ aide de 2 mots par Linnée et les livres classés en deux répertoires l’ index matière et l’ index auteur. De là, à appliquer, les méthodes utilisées pour ranger les livres au rangement des champignons, il n’y a qu’ un pas que je franchirais en te racontant demain matin.
En espérant que mon histoire ne te surcharge pas trop, je te souhaite une bonne soirée.
Jean- francois Doucet
Je répondrais à ton email en son temps, mais pour l’ instant, il est important, je crois que je mette en forme la naissance d’ une idée.

Oslo, 6 juillet 2001.

Evidemment, mon sang n’ a fait qu’ un tour en lisant le titre de ton email : la classification Dewey ! Car c’ est bien de cela dont il s’ agit dans les bibliothèques. Je te parle du temps où les ordinateurs - le premier Eniac est de 1946, année de ma naissance - tu n’as qu’à voir, où les premiers ordinateurs donc laissaient les bibliothécaires avec leurs plumes d’oie et leur bougie à classer des livres, ou plutôt essayer. Devant la difficulté que je précisais hier de classer des mots à l’ aide de mots, un outil de classification effectivement commode a été conçu : la classification Dewey. En fait, c’ est, à ma connaissance, la seule classification pratiquable parce que les délires à l’ aide de la plume d’oie et de la bougie n’ ont pas été avares de productions exubérantes. Je crois même qu’ il a été question, à une certaine époque, de répertorier toutes les connaissances humaines dans une même et seule classification : tu avoueras que, pour classer des livres, une économie de moyen comme la classification Dewey est un rayon de soleil pendant une nuit sans lune ! Car, en plus de ces monstres - je me demande si le Congrès américain n’ a pas, en son temps, participé à cette monstruosité - il y a eu le monstre du Lochness du bibliothécaire le fameux thésaurus. Devant l’ impossibilité pour ranger un livre dans une bibliothèque d’ avoir une classification à l’ aide de mots sur laquelle tout le monde s’ accorde, certains bibliothécaires plus malins que les autres ont lancé cette idée du thésaurus qui est un registre de classification entre les termes utilisés pour l’ indexation des documents. Ce thésaurus était déjà une libération du corset offert par une classification de toutes les connaissances de tous les temps. Un catalogue de relations est indéfiniment perfectible et peut donc justifier moyennant finance la présence d’ un bibliothécaire derrière une étagère avec sa bougie et sa plume d’ oie. C’ est un premier point. Mais le second avantage est non moins remarquable : quand les bibliothécaires, après avoir parlé dans les réunions internationaaaaaaaaaaaaaales autant qu’interprofesssssssssssionnnnnnnnnnnellles de leur bougie et de leur plume d’ oie et que le silence tel un ange qui passerait risquait de s’ apésantir derrière les étagéres des réunions, le thésaurus pouvait faire son apparition . Immanquable ! Imbattable ! le thésaurus : tout le monde avait son mot à dire sur le thésaurus qui engloutissait temps, argent et ressources sans faire progresser d’un iota millimétrique le rangement des livres sur les rayons de bibliothèques.
Tu as donc raison d’appeler à la rescousse la classification Dewey pour te sortir de bien mauvais draps. A l’ heure où je t’écris, je suppose que tu es en train de te lever et à ton petit-déjeuner, tu vas avoir une tartine sur cette question de classification des livres que je voulais appliquer aux champignons. Dans la salle où j’ écoutais la docte Dame doctorante, je ne pensais pas à la classification Devey que tu mentionnes si justement. Je ne sais pas : peut- être tu vas accuser la psychanalyse de mettre trop l’ accent sur le passé, mais mon passé devant la docte Dame doctorante refaisait surface de facon primaire : on aurait dit que j’ avais la gale tant cette histoire de classification me grattait sous la peau. Evidemment, je ne pipais pas mot, ne posais pas même une question pour faire voir à l’ assemblée l’ intérêt qu’ on porte à la thése de la dite docte Dame doctorante. Non ! je sentais gargouiller dans mon corps une irritation ancienne, une sorte de révolte passée contre les classifications : en son temps, j’ avais guerroyé contre les classifications, avais même fait alliance avec un chef contre les gouffres à pognons engloutis par les thésaurus non obstant l’immense avantage d’ avoir un thème de discussion pour toute réunion un peu ennuyeuse. Oui ! c’ était cette réaction contre les classifications qui refaisaient surface. Evidemment, le temps avait passé, je te parle à échéance de 20-30 ans, et j’ avais eu le temps d’ identifier ces classifications. Si j’ avais vécu au moyen âge, j’aurais certainement assimilé les classifications avec les oeuvres du diable. Mais Dieu me garde ! au siècle de S Freud, les classifications m ’ apparaissaient être le point d’ aboutissement des forces de mort, celles même qui ramène inéluctablement un être vivant à son état inanimé par la voie de la décrépitude jusqu’à la mort. Entre le berceau et la tombe, il y a heureusement une belle antidote : un sens qui se donne très philosophiquement et qui retarde ne serait-ce qu’un peu l’ inéxorable retour à l’inanimé. Ma réactioon vis-à-vis des champignons que la docte Dame doctorante voulait à toute force faire rentrer dans une classification venait-elle des livres que je traitais avec amour et tendresse autrefois et que je supportais mal d’ être massacrés par les Classifications Universelles de toutes les Connaissances et de tous les Temps ? Je ne peux pas te dire ce qui se passais exactement : mon irritation vis-a-vis des classifications me picotait bien avant que je puisse mettre des mots sur le picotement.
Car, à la rescousse de ma révolte ancienne contre tout ce qui pouvait classifier ordonnancer fixer était venu l’ ordinateur : même la carte perforée avait été une branche à laquelle me raccrocher pour échapper à l’ ombre menacante des classifications. Car l’ ordinateur avait permis de maitriser le sens des livres par un tout autre moyen que les classifications - ma bête noire, tu peux me croire. Comme il peut trouver une aiguille dans une botte de livres, il suffisait de lui tapoter quelques mots pour que la machine tout bêtement relise tous les mots de tous les fichiers d’un bout à l’ autre de la bibliothèque. Autrement dit, avec l’ ordinateur, on n’ avait pas besoin de classifier selon deux index les auteurs et les matières, mais on pouvait enregistrer les livres à l’ aide de mots clefs pour ensuite les retrouver. Les classifications par ce petit stratagème tombaient à l’eau, tout bonnement ! Adieux thésaurus, veau vache cochon et classification : avec un ordinateur tout allait comme sur des roulettes. Et le progrès aidant, on allait même mettre les mots-clefs dans un espace – tiens-toi bien à ta chaise - un espace vectoriel : on associait à chaque livre un vecteur ( tu sais, ces trucs mathématiques avec une flèche au bout dont on prend connaissance vers l’ âge de 15 ans ) Et sur les vecteurs, l’ ordinateur pouvait faire des calculs aussi compliqués qu’on le veut, impossible à même envisager au temps de la plume d’oie et de la bougie. Alors chercher un document, c’ était simple : tu associais à ta recherche un vecteur et tu calculais la proximité de ce vecteur à ceux qui formaient la base de ta collection de livres. Génial, ! non ? En tous cas, c’ était cette méthode que je voulais appliquer non pas pour retrouver un champignon comme on retrouve un livre, mais tout simplement pour pouvoir le comparer aux autres. Car pourquoi donc appeler champignon un truc qui ressemble autant à un champignon - au sens commun du terme - que moi à un évèque. Appeler un chat un chat, je comprends parce que même si la nuit tous les chats sont gris, les chats sont quand même assez semblables. Mais un champignon ? Et la docte Dame continuait à m’ irriter d’ une curieuse manière en posant la question de la nature même des champignons : il y a la partie que tu vois mais la face cachée de la lune ou la partie immergée de l’ iceberg, c’ est un réseau de ramifications souterraines qui relient ce que tu voies des champignons ( en forme de chapeaux chinois ). Qu’ est-ce que c’ est qu’ un champignon ? Ce que tu connais du chapeau genre celui du petit chaperon rouge ou bien les réseaux de filaments qui courent sous la terre ? Et la docte Dame doctorante insistant lourdement. Il y aurait des réseaux qui sont très vastes. Elles s’étaient même amusée - chacun ses perversions, pensé-je, parce qu’ en fait d’ amusement, j’ ai vu mieux, - elle s’ était même amusée à mesurer la surface d’ extension des filaments sous la terre et leur poids : dans certains cas, plus lourds que des baleines ! Faut le faire, à force de ramifications et la docte Dame doctorante ajoutait même que l’ âge de telles champignonnières - Ah ! où sont les Champignons de Paris de quand j’ étais tout petit - plus d’ un millénaire. Alors forcément, il y avait de l’ exagération en l’ air puisque le coté spectaculaire de la docte Dame doctorante cachait en fait les limites du système langagier utilisé pour nommer les champignons. Elle m’énnervait la dame à ignorer ou à vouloir ignorer que dire : ceci est un champignon, n’ est pas une mince affaire ( en son temps, un certain Jésus a dit : « Ceci est mon corps, ceci est mon sang » et l’on voit comment ca a tourné pour lui ). Et qu’une fois le pas franchi de dire : ceci est un champignon, tout le reste découle de source jusques et y compris la classification ! De là mon idée devant la docte Dame doctorante qui commencait à me faire perdre mon latin et à me plonger dans une perplexité croissante, de lui proposer au moins mentalement d’utiliser un ordinateur pour ses champignons comme autrefois j’ en avais utilisé pour mes livres. Il m’avait drôlement simplifier la vie pour ma survie en pleine classification. Il suffisait d’ associer à chaque champignon un vecteur et de calculer la distance aux autres vecteurs de la collection de champignons et le tour était joué : on pouvait même faire varier les critères de vectorisation à l’ infini et voir où un champignon allait se balader avec son petit vecteur associé. En somme, mon système ressemblait au manège d’ auto tamponeuses : chaque auto porte à l’ arrière une perche qui apporte à son moteur électrique du courant. Eh bien ! la perche, c’ est le vecteur et le champignon l’ auto-tamponeuse : on peut dans une collection faire entrer un champignon comme mettre en marche une auto tamponneuse pour voir si les perches (= vecteurs) se rapprochent les unes des autres et ainsi classifier par rapprochement les champignons. Mon idée était bonne, mais comme je te l’ai dit dans un précédent email, elle n’ est pas nouvelle. Et les étudiants m’ ont promis de me faire connaitre le programme informatique qui permet ce rangement. Ah comme ranger ces affaires peut-être l’ objet de bien des vicissitudes.
J’ espère que cette histoire ne t’ a pas trop ennuyée. Elle est une illustration de l’endroit où mène l’ étude du processus créatif. Un Monsieur comme A Koetler parle de bisociation et d’ autres parlent de transfert de technologie. Une seule chose est certaine, il faut par un heureux hasard de circonstance assimiler les livres aux champignons !

Bien cordialement-
Jean-francois Doucet


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vendredi 11 juillet 2014 à 14h24 - par  Nearer

Tous mes anciens camarades et amis collèges au collège préfèrent la même entreprise d’écriture qui se concentre sur l’évolution d’un thème ou d’une idée ici proposée par les éducateurs du monde entier. Apprendre nouveau matériel autant que gardant à l’esprit l’expérience acquise peut exiger de la santé mentale et de longs efforts durables à la fois des étudiants de premier cycle et de troisième cycle. Il s’agit en règle générale que de nouveaux renseignements sont tirés par des discussions.

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